Protocol Ekstraksi DNA dengan Chelex 10%
Salam Hangat dari Sapporo yang sedang menguning dan menggugurkan daun serta mulai mendingin...
Pada kesempatan ini saya akan menuliskan protokol singkat bagaimana mengekstrak DNA dengan menggunakan larutan chelex resin 10%. Untuk mengetahui tentang chelex lebih lanjut bisa dibaca di link ini. Sedangkan untuk Protokol Pembuatan Chelex 10% bisa di lihat di sini.
Baik, berikut ini adalah tahapan yang harus dilakukan:
- Siapkan lampu bunsen, korek, gelas beker 100 mL, etanol (alkohol) 90% dan 70%, bleach (bayclin) tissue, rak tube, dan sampel jaringan.
- Bersihkan meja kerja dengan menggunakan bleach dan juga etanol 70%. Isi gelas beker dengan menggunakan etanol 90%. Nyalakan lampu bunsen (kalo gak punya bisa pakai pelita yang diisi bahan bakar etanol 90%).
- Ambil larutan chelex 10% yang telah berada dalam tube (biasanya isinya 300 uL) sejumlah sampel yang akan diekstraksi plus satu untuk kontrol negatif. Misal kita punya 5 sampel, kita ambil 6 tube chelex.
- Beri label tube sesuai dengan ID sampel kita, dan label tube control dengan control (-)
- Celupkan ujung pinset dalam etanol 90%, kemudian bakar dengan menggunakan bunsen hingga beberapa detik (perkirakan ujung pinset telah steril dari bakteri dan juga DNA).
- Ulangi langkah 5 sebanyak 3 kali.
- Dengan pinset steril, ambil sampel jaringan sebesar titik pena ukuran 0.7 (jangan terlalu besar dan jangan terlalu kecil). Kemudian masukkan dalam larutan chelex yang telah dilabel.
- Vortex selama 10 detik dan sentrifugasi selama 10 detik
- Panaskan pada heatblock pada suhu 94-95oC selama 30 menit sampai 2 jam.
- Setelah pemanasan, vortex kembali selama 10 detik dan sentrifuge selama 10 detik.
- Simpan dalam kulkas sampai sampel akan digunakan, sampel hanya bertahan kurang lebih 6 bulan.
- Estrak DNA berada pada bagian supernatan, sedangkan sisa sisa jaringan berada pada bagian endapan.
- Terkadang PCR bisa berhasil dengan menggunakan Ekstrak DNA yang baru di ekstrak terkadang pula bisa berhasil dengan ekstrak DNA yang sudah diinapkan. Jadi, jika tidak PCR gagal dengan sampel yang baru selesai di ekstrak, maka diamkan dulu dalam kulkas satu malam, kemudian besoknya lakukan PCR dengan sampel tersebut tanpa memanaskan ekstrak DNA terlebih dahulu. Namun jika sample berhasi dengan ekstrak DNA yang baru selesai di kerjakan, untuk PCR pada hari berikutnya (misal mau diulang) maka ada baiknya dipanaskan sekitar 5-15 menit dahulu, kemudian divortex dan sentrifuge seperti langkah 8.
- Tahap terakhir, bersihkan kembali area kerja dengan bleach dan alkohol 70% serta semua alat yang dipakai. Selamat mengekstrak DNA, hopefully you succeed to amplify your sample.
Sekian protokl ekstraksi DNA dengan chelex semoga bermanfaat. Untuk Protokol PCR bisa dilihat di link berikut: Hotstart dan Gold PCR.
Salam ATGC
大
0 Response to "Protocol Ekstraksi DNA dengan Chelex 10%"
Post a Comment